U igri Paper Mario: The Thousand-Year Door prateći Princezu Peach do neuglađenog grada Rogueport nakon što sazna da je otkrila mapu koja vodi do drevnog blaga, Mario ulazi u svoju avanturu. Kada sazna da je Princeza opet oteta, on hrabro krene da je spase i pronađe blago. Na tom putovanju, pridružuju mu se raznoliki prijatelji poput Goombelle, Kupsa, Jozija i drugih.

Međutim, dok prolazi kroz ovu avanturu, Mario se i njegovi saputnici susreću sa zlom tajnom družinom poznatom kao X-Nauti, koji takođe tragaju za blagom. RPG igra obuhvata mehaniku borbe zasnovanu na potezima koji se odvijaju u stilu scenskog izvođenja, sa prisustvom publike. Igrači moraju da savladaju tajming svojih napada dok koriste bedževe i posebne napade kako bi impresionirali publiku i, naravno, pobedili u borbama.

Glavna priča vodi igrača kroz različite delove fantastičnog sveta, uključujući grad Rogueport, zlokobni dvorac i mnoge druge lokacije. Svaka lokacija je lepo dizajnirana u prepoznatljivom papirnatom stilu, što dodaje šarm igri.

Borbe u igri su temeljene na sistemima izmenjenih taktičkih bitaka, gde koristiš tajming za izvođenje napada i obrana, dodajući dubinu i izazov gameplayu. Pored borbi,  rešavaćeš zagonetke u interakciji sa raznim likovima i sakupljaćeš predmete kako bi napredovali kroz priču.